2016年8月7-9日, 美国犹他州杨百翰大学（Brigham Young University，BYU）生命科学学院 Joshua Udall博士，受华中农业大学第四届功能基因组与作物遗传改良国际学术会议暨南湖青年科学家论坛（作物科学-2016）邀请， 做了题为“Genome structure of the Gossypium genome”的报告。Udall博士对棉花二倍体，四倍体野生种和驯化种进行测序，比较基因组分析发现四倍体棉花存在大量的结构变异；同时，四倍体两个亚基因组At和Dt之间存在一些稀有同源序列的转换（Page et al., 2016, Plos Genentics）。另外，通过使用不同的分析策略，Udall博士将34份深度测序的四倍体数据分别比对到二倍体G. arboreum （A2），G. raimondii （D5）和四倍体陆地棉TM-1基因组上 （PloyCat, PloyDog, http://udall-lab.byu.edu/Research/CottonResearch/polyCatReadmappingincotton.aspx），分析数据比对效率，最终用A2和D5作为参考基因组，来准确地鉴定SNP。通过SNP分析，揭示了四倍体棉花亚基因组间同源基因的相互转化现象（Homoeologous Conversion）。
8月9日下午，棉花课题组涂礼莉教授、博士生王茂军和罗湘胤陪同Joshua Udall博士参观了BGI武汉（华大基因）。BGI相关人员热情地带着大家参观了BGI办公楼，并对BGI现有的新技术做了详细的介绍。Joshua Udall和工作人员对相应的技术进行了讨论并给出指导。
8月10日，Udall博士和华中农业大学棉花课题组进行了一天的学术讨论，上午，Udall博士为棉花组师生就8月9号上午在大会上做的报告没有讲到的细节进行了详细地介绍。同时还介绍了他们构建的34个四倍体野生种和驯化种的系统进化树，鉴定了陆地棉和海岛棉之间的渐渗片段，并结合美国的植棉历史，提出这些可能含有优良的等位基因海岛棉片段为美国棉花优质陆地棉的育种贡献很大的观点。Udall博士进一步介绍了利用二代和PacBio RSⅡ测序的G. herbaceum （A1）基因组组装的结果和Bio Nano技术在复杂四倍体棉花基因组组装中的优势及展望，特别介绍了Bio Nano的实验流程，他实验室在Bio Nano应用中的经验与教训。接着棉花组的老师们和Udall 博士商讨了合作的具体事项。8月10日下午，课题组博士生王茂军、胡琴给 Udall博士汇报了课题进展。Udall 博士对课题提出了一些建议，并对存在的问题进行深入地讨论。
专家介绍：
Josh Udall博士，杨百翰大学生命科学学院植物科学系副教授，博士生导师，1995年本科毕业于杨百翰大学，1997年在爱达荷州大学获得作物育种学硕士学位，2003年威斯康星大学获得植物育种和遗传学博士学位，2006年爱荷华州立大学随棉花多倍体进化专家Jonathan F. Wendel做博士后研究。目前，主要主要研究领域是棉花基因组进化和生物信息学，开发了PolyCat, BamBam, Suffix Grove等基因组mapping软件，以第一作者或通讯作者在Genome Research，Genetics，PLOS Genetics，Theoretical and Applied Genetics，Genome Biology and Evolution等国际遗传学杂志发表多篇学术论文， 2016年，并应邀在Trends in Plant Science发表题为“Genome Mapping in Plant Comparative Genomics”的综述。
供稿：李健英 审核：涂礼莉