区树俊博士应邀做客棉花团队

    2020年11月5日下午，区树俊博士应邀做客棉花团队，为师生带来题为“三代测序的深度和长度对玉米自交种NC358基因组组装的影响”的学术报告。

    区树俊博士利用玉米自交品种NC358为材料进行高深度的测序，并把测序数据分成20X-75X的深度和N50为11kb-21kb的序列长度进行多次的组装。通过比较，发现30X以下的覆盖深度和N50是11kb的序列长度会导致基因组组装碎片化，以至于低拷贝的基因区也不能被完整的覆盖。基因组的不同组分，基因、转座子、高重复区等在不同的组装实验中呈现出不同的组装质量。同时，区树俊博士还提出高质量的光学图谱对改善拼装的连贯性，即使是最碎片化的组装结果也会有很大的帮助。这一研究对基因组课题的资源配置提供了有价值的参考。报告结束后，师生们与区树俊博士进行了热烈的讨论。

区树俊博士简介:

     区树俊，爱荷华州立大学博士后。2012年本科毕业于华南理工大学生物技术专业。 2018年博士毕业于密歇根州立大学，植物遗传与进化专业，师从 Ning Jiang教授。2019年至今在爱荷华州立大学 Matthew Hufford实验室从事玉米基因组学的研究工作。其博士和博士后期间，主要从事转座子的注释，进化和功能研究。开发了LTR_retriever、LAI、EDTA等一系列基因组转座子注释和评估软件，以及应用转座子解析基因组动态变化历史、研究物种起源等。迄今已发表论文20余篇，其中以第一或通讯作者在Genome Biology、Nature Communications、Nucleic Acids Research和Plant Physiology等期刊发表论文7篇。