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生物信息学相关资源 【免费软件】
文件类型:.其它 更新时间:2013-07-23
软件类型:国产软件 界面语言:简体中文
软件大小:212KB 运行环境:Windows Office
官方网站:http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/ 演示地址:点击访问

文档来自华中农业大学生物信息学课程教学内容,传播及引用请注明出处。

部分文档内容:

系谱分析

 

PAUP   

http://onyx.si.edu/PAUP/

EBI ClustalW analysis

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

GCG package    

http://www.gcg.com/

PHYLIP      

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

MEGA

http://www.megasoftware.net

TreeView

http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html

基因结构预测分析

 

NCBI ORF Finder

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

FGENESH

http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

Augustus

http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/submission

GENSCAN 

http://genes.mit.edu/GENSCAN.html

 

http://redb.ncpgr.cn/modules/redbtools/genscan.php

 

http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/genscan-simple.html

GeneMark

http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/eukhmm.cgi

CENSOR (Repeat sequence)

http://www.ebi.ac.uk/Tools/censor/

RepeatMasker

http://www.repeatmasker.org/cgi-bin/WEBRepeatMasker

Repeats

http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/repeats.html

果蝇启动子分析

http://fruitfly.org/seq_tools/other.html

转录因子数据库

 

TRANSFAC

http://www.gene-regulation.com/cgi-bin/pub/databases/transfac/search.cgi

PlantTFDB

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

PlnTFDB

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/

DBD: Transcription factor prediction database

http://dbd.mrc-lmb.cam.ac.uk/DBD/index.cgi?Home

全部文档下载地址 点击这里


补充若干工具:

植物基因组数据库收录
http://www.phytozome.net/
植物Small RNA 分析工具(psRobot) http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/index.php
文恩图在线绘制工具 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/


http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

画叶绿体、线粒体、质粒的工具(OGDRAW) http://www.plob.org/2012/06/21/2284.html
在线绘制发育树的工具 http://www.evolgenius.info/evolview.html#login

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_phylogenetic_tree_visualization_software