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区树俊博士应邀做客棉花团队

更新时间:2020-11-06 14:59:10点击次数:218次字号:T|T

    2020年115日下午,区树俊博士应邀做客棉花团队,为师生带来题为“三代测序的深度和长度对玉米自交种NC358基因组组装的影响”的学术报告。


    区树俊博士利用玉米自交品种NC358为材料进行高深度的测序,并把测序数据分成20X-75X的深度和N5011kb-21kb的序列长度进行多次的组装。通过比较,发现30X以下的覆盖深度和N5011kb的序列长度会导致基因组组装碎片化,以至于低拷贝的基因区也不能被完整的覆盖。基因组的不同组分,基因、转座子、高重复区等在不同的组装实验中呈现出不同的组装质量。同时,区树俊博士还提出高质量的光学图谱对改善拼装的连贯性,即使是最碎片化的组装结果也会有很大的帮助。这一研究对基因组课题的资源配置提供了有价值的参考。报告结束后,师生们与区树俊博士进行了热烈的讨论。


区树俊博士简介:

     区树俊,爱荷华州立大学博士后。2012年本科毕业于华南理工大学生物技术专业。 2018年博士毕业于密歇根州立大学,植物遗传与进化专业,师从 Ning Jiang教授。2019年至今在爱荷华州立大学 Matthew Hufford实验室从事玉米基因组学的研究工作。其博士和博士后期间,主要从事转座子的注释,进化和功能研究。开发了LTR_retrieverLAIEDTA等一系列基因组转座子注释和评估软件,以及应用转座子解析基因组动态变化历史、研究物种起源等。迄今已发表论文20余篇,其中以第一或通讯作者在Genome BiologyNature CommunicationsNucleic Acids ResearchPlant Physiology等期刊发表论文7篇。


供稿:朱福慧

审核:袁道军